Kapera nagusia edo presbiterioa 2000. urtean birmoldatu zen, eta multzoko elementu berrienetako bat da.
Erdian, aldarea dago, krisma santuarekin sagaratua. Aldarean, «gurutzearen sakrifizioa egiten da; gainera, Jainkoaren mahaia da, eta bertan adierazten da esker ona eukaristian».
Aurrean, katedra dago; bertatik, gotzainak, Kristoren izenean, batzarrerako deia egiten du, eta batzarreko buru gisa jarduten du. Bi aldeetan, koruko aulkiteria dago, kalonjeentzat; hain zuzen ere, hamabi eserleku dira. Eserleku horiek San Pauloren gonbidapenari erantzuten diote: «Recitad entre vosotros salmos, himnos y cánticos inspirados; cantad y salmodiad en vuestro corazón al Señor».
Gaur egun, ez du beste altzaririk, ezta erretaularik ere. Hala ere, XIX. mendera arte, erretaula errenazentista bikain bat zuen, iritsi zaizkigun erretaulako tailuen kalitatea aintzat hartuta.
Aldarean, gotiko berantiarreko Kristo bikain bat da nagusi, 1515 aldekoa; garbitasun-oihalak toles bat du, Bizkaiko era honetako tailuen oso bereizgarria.
Presbiterioaren oinaldeko kolometan, Begoñako Andre Mariaren eta Santiago erromesaren bi tailu ikus daitezke. Kopiak dira; haien jatorrizkoak Bizkaiko zaindariaren santutegian eta Zeanuriko Ipiñaburuko Santiago parrokian daude. Tailu horiek tenplu honetan presentzia handiena duten bi izenei dagozkie.
